L’église actuelle a pris le relais de l’ancienne église des Pères Capucins située rue Haute, entre la rue Saint-Ghislain et la rue des Capucins, consacrée en 1652 et dédiée à Notre-Dame de la Paix. Partageant le sort des autres communautés religieuses, les Capucins furent chassés de leur couvent en 1796. Les bâtiments seront entièrement détruits en 1803.
Au lendemain de la Révolution, les religieux rentrèrent à Bruxelles et se fixèrent à l’endroit qui est à présent la place du Jeu de Balle. Ils y furent appelés par le Curé Vervloet, des Saints-Jean-et-Etienne aux Minimes, qui avait fait en vain des démarches en 1848 pour ériger une nouvelle paroisse. La communauté composée de trois pères, se fixa à Bruxelles le 19 octobre 1852. La construction de l’église s’étend du 19 octobre 1854 au mois de novembre 1855, financée entièrement par les offrandes volontaires des fidèles.
Elle sera consacrée en 1856 et dédiée à la Vierge Immaculée. En 1912, la nouvelle paroisse souhaitée par le Curé Vervloet, est enfin érigée et l’église conventuelle devint paroissiale. La paroisse sera desservie par les Capucins jusqu’à leur départ en 1992, et depuis lors par le diocèse. De son origine à ce jour, cette paroisse est l’une des plus populaires de Bruxelles. En 2012, la paroisse a célébré son centième anniversaire.